Las actividades en materia agrícola desarrolladas por la administración pública estatal han tenido sus antecedentes desde el siglo pasado. Estas acciones eran realizadas directamente por el ejecutivo del estado, ya que no se contaba para ello con un órgano específico que se encargara de llevarlas a cabo, así como con una base jurídica que normara el funcionamiento en la materia.

Fue hasta el 26 de enero de 1983 cuando se publicó el decreto por el que se crea el órgano público descentralizado estatal con personalidad jurídica y patrimonio propios, denominado "Maquinaria para la Tierra del Estado de Tlaxcala" (MATET). El cual tuvo por objeto la prestación de servicios para el empleo, uso y aprovechamiento del suelo y sus productos, que requiriera la utilización de maquinaria y equipo.

Posteriormente, el 13 de enero de 1987, se creó la Coordinación de Desarrollo Rural Integral (CODERI). La cual tuvo por objeto; coordinar el fomento de las actividades agropecuarias y forestales para el óptimo uso de la tierra con obras de infraestructura, insumos, créditos, servicios de capacitación y asistencia técnica, apoyar la organización de los productores y alcanzar la industrialización y comercialización de los productos agropecuarios, en beneficio de la población campesina.

Los ordenamientos legales anteriormente señalados constituyeron algunos esfuerzos realizados por el Gobierno del Estado de Tlaxcala en materia de agricultura y ganadería. La experiencia de esos años hizo patente la necesidad de crear una dependencia que se encargara de fortalecer, aun más, las actividades agropecuarias del Estado.

Con esa intención, el Ejecutivo Estatal en turno, el 16 de mayo de 1996, con fundamento en lo dispuesto por los artículos 45, 47 y 54 fracción III, de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Tlaxcala, creó la Secretaría de Fomento Agropecuario, SEFOA.

La Secretaría de Fomento Agropecuario, es desde entonces la dependencia encargada de planear, organizar, supervisar, ejecutar, dirigir y controlar las acciones para el fomento y desarrollo agropecuario a fin de elevar la producción y productividad en el estado, mediante programas de corto, mediano y largo plazo.